首播日期：美國時間 Mon 22 Sep.
第二季尾聲，Peter 即時醒悟之後摧毀殺人病毒，Hiro 也暫時處理掉跟他牽扯不清的不死 Adam，看似一切就要劃上休止符，但 Nathan 在記者會上突然遭到槍擊，還有單親媽媽 Niki 則是淹沒在火光之中，另外最麻煩的是 Sylar 終於得到 Claire 的血而復活。
第三季將分為上下兩個部份，前半段 1-13 集 Villains（壞人）和後半段 14-25 集 Fugitives（亡命者），前半段原先規劃是屬於第二季的一部分，因為受好萊塢大罷工的影響而延後至今，所以故事仍然會跟前一季有所牽連，本季首播是 9 月 22 日，在進入第三季之前還有一個小時的前兩季回顧的特別節目，之後才播映新一季的兩集，這次是另一輪關於預見毀滅與拯救世界的戲碼，第一集是「The Second Coming」，觀眾可以先猜猜上面這些角色當中，誰會變成邪惡的一方？倒是前兩季的元祖大反派 Sylar 有著出乎觀眾意外的發展，雖然這傢伙一開始還是不斷強行打開別人腦殼累積新能力而變得越來越強，還在上面這張照片中擺出非常像鋼鐵人的架勢。第二集是「The Butterfly Effect」（蝴蝶效應），這個被濫用的科學詞彙在此是為了表達出如同該同名電影般的情節，強調每個意圖改變未來的行為都會產生預期外的千絲萬縷影響，於是觀眾可以再次看到未來那個臉上有刀疤、性格較冷酷壓抑的 Peter Petrelli（雖然平行宇宙理論來說，他也不是在前兩季短暫出現的那個刀疤 Peter）為了拯救未來而努力，但事態發展卻遠超乎他所能掌控與預期。
這兩集呈現 Heroes 的一貫風格，累積一堆不解之謎才逐漸抽絲剝繭，所以我只以線索提示劇情部份，放在劇照後，不想破壞樂趣的話請小心。
槍擊 Nathan 的是來自四年後未來的 Peter。
未來將會因為某個原因再一次被毀滅。
Nathan：在醫生宣告死亡後神秘甦醒，個性與想法發生天翻地覆的變化，而且只有他看得到一個已死的熟悉角色。
Hiro：接替老爸當上社長的他又惹出麻煩，足以毀滅世界的半個方程式從他手中被搶走，然後跟 Ando 追到巴黎去企圖奪回。
Ando：未來的他也有超能力，表情變得堅毅果決，還在世界毀滅之時殺了 Hiro。
Mohinder：拿自己作實驗而得到超能力，各項感官大幅提昇，包括性方面，但身體發生噁心的異變。
Maya：看樣子很滿意 Mohinder 的新變化。（唉！女人）
Matt：被未來的 Peter 丟到非洲沙漠，在瀕臨死亡邊緣時遇到一個睿智的心靈導師。（又一個畫畫的預言者，這梗好爛）
Sylar：跑到 Claire 家大玩捉迷藏跟真心話大冒險，又闖進 Level 5 搗亂，無意間放出一堆兇惡囚犯。
Peter：本尊被奇異的方式困住，只能跟三個兇惡的逃犯窩在一起，這兩集都在看未來的 Peter 表演。
Claire：跟 Sylar 玩耍後身心都發生變化，但還是被 Noah 跟未來 Peter 當成小女孩對待，她的親生媽媽也再次出現。
Elle：差點變成 Sylar 的補品之一，危急關頭能力爆發，使用十萬伏特擊退 Sylar。
Noah：被關在 Level 5 的小房間裡無聊玩球，然後被 Sylar 當沙包痛打，現在要去追囚犯。
Tracy Strauss：穿著性感內衣全新火辣出場的熟悉角色，她不知道自己有著殺人不見血的能力。
Daphne：可以用超高速移動的女盜賊，連 Hiro 的暫停時間都無法抓不住她，幾秒鐘就從巴黎跑到柏林。
Petrelli 媽媽：自稱自己是 Sylar 的媽媽（讓人很倒胃口），可以在夢境中預見未來。
KEN 的英倫記憶 